Um alle frei verfügbaren Datenbestände für eine Nutzung in GPDN zu erschließen, waren umfassende Datenrecherchen und Datenanfragen bei einer Vielzahl von Datenhaltern und -eigentümern aus Institutionen und der maritimen Wirtschaft notwendig.
Zur konsistenten Interpretation im Grenzbereich zu den vor Projektbeginn bereits vorliegenden Sedimentverteilungskarten angrenzender Länder (Minimierung von Blattrandeffekten) sind Daten in einer Pufferzone von 20 km aus den Niederlanden, dem Vereinigten Königreich und Dänemarks rund um die deutsche ausschließliche Wirtschaftszone (AWZ) bei der Auswertung berücksichtigt worden.
Um einerseits die Datendichte im Gesamtgebiet zu erhöhen und andererseits um die Erweiterung der bestehenden Karte der Sedimentverteilung in der Deutschen Bucht (FIGGE 1981) in den bis dahin noch nicht dargestellten Bereichen vornehmen zu können, wurden im GPDN-Projekt eigene Schiffsexpeditionen durchgeführt.
Der Datensatz, aus dem die Kartendarstellungen entwickelt wurden, besteht hauptsächlich aus Korngrößenverteilungen, die anhand von einzelnen Proben der Meeresbodenoberfläche im Labor per Siebung ermittelt wurden. Zusätzlich sind Schichtbeschreibungen von Bohrungen (Bohrtiefen von überwiegend 3 – 6 m) mit Hilfe eines im GPDN-Projekt weiterentwickelten Algorithmus in Korngrößenverteilungen umgerechnet worden (Naumann et al. eingereicht). Generell bestand der Anspruch, alle verfügbaren geologischen Informationen in die Karten einfließen zu lassen.
Die auf Basis von Schichtbeschreibungen berechneten Korngrößenverteilungen konnten so mit den durch Siebung von Proben ermittelten Korngrößenverteilungen zu einem in sich konsistenten Datensatz zusammengeführt werden. Dieser umfasst etwa 37.500 Lokationen und entspricht damit einer durchschnittlichen Datendichte von 0,91 Datenpunkten pro Quadratkilometer in der deutschen Nordsee. Anschließend wurden diese einzelnen Korngrößenanalysen jeweils in die Sedimentklassifikationen nach FIGGE (1981) und FOLK (1954, 1974) übertragen. Damit standen diese klassifizierten Punktdatensätze für die kartographische Weiterverarbeitung im Geographischen Informationssystem zur Verfügung.